Banana Pi, Raspbian, Ubuntu, Debian, Arch Linux, Fedora, OpenSUSE, Android, FreeBSD, OpenBSD, NetBSD gibi bir dizi işletim sistemi desteği sağlar. Ayrıca, Banana Pi gibi ARM tabanlı cihazlar için özel olarak tasarlanmış Armbian gibi topluluk destekli işletim sistemleri de mevcuttur.
Ancak, her Banana Pi modelinin farklı işletim sistemi desteği olabileceğine dikkat etmek önemlidir. Bu nedenle, bir işletim sistemi indirmeden ve yüklemeden önce, özellikle cihazınızla uyumlu olup olmadığını kontrol etmek son derece önemlidir. Bu kontrolü yapmamak sorunlara ve cihazınıza zarar verebilir. Sorunsuz ve başarılı bir yükleme işlemi için, işletim sistemi seçiminiz ile Banana Pi modelinizin uyumluluğunu her zaman kontrol edin.